La novela cuenta la historia de Juan Salvador Gaviota, una gaviota que está aburrida de que su vida se limite a las disputas diarias por el alimento de sus compañeras gaviotas y tiene una ferviente pasión por volar. Él se presiona a sí mismo, aprendiendo todo lo que puede acerca del vuelo, evitando competir, hasta que su actitud da como resultado su expulsión de la bandada. En soledad, él vive practicando, aprendiendo; es cada vez más exigente con sus habilidades mientras lleva una vida feliz.

Un día, Juan se encuentra con dos gaviotas que lo llevan a un "plano más elevado de existencia", donde conoce a otras gaviotas a las que les gusta volar tanto como a él. Descubre que su creciente tenacidad y deseo de aprender lo convierten en "una gaviota entre un millón". Juan se hace amigo de la gaviota más sabia del lugar, llamada Chiang, quien lo lleva más allá de su aprendizaje anterior, enseñándole como moverse instantáneamente a cualquier lugar en el universo. El secreto, dice Chiang, es "comenzar sabiendo que ya has llegado".

No satisfecho con su nueva vida, Juan retorna a la tierra para encontrar a otros como él, para llevarles su aprendizaje y su amor por volar. Su misión es exitosa, reúne a su alrededor a otros a quienes habían expulsado de sus bandadas por no ser conformistas y buscar como él un mayor sentido a su habilidad para volar. Finalmente, uno de sus estudiantes, Pedro Pablo Gaviota, se convierte en su asistente y acaba siendo maestro; así, Juan deja la tierra para seguir su aprendizaje mientras Pedro continúa su labor.

Esta novela trata de la búsqueda interior de uno mismo, de la superación personal, del sacrificio y de la necesidad de conocer hasta dónde podemos llegar cuando buscamos algo más que satisfacer nuestras necesidades materiales.